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漢字変換システムを変更したい場合は、システムメニューから、設定→ユーザ向け→漢字変換システムの選択を実行します。

一覧から利用したい入力方式を選択し、OKボタンをクリックしてください。なお、変更を完全に反映させるには、ログインしなおす必要があります。
「漢字変換システムの選択」では、インストールされていない漢字変換システムも表示されています。他の変換システムを利用したい場合は、事前に関連プログラムをインストールしておく必要があります。
プログラムの追加方法は、第IV.17章 - プログラムの追加・削除・更新(パッケージ管理)を参照してください。
また、Emacs で使う漢字変換システムも漢字変換システムの選択から設定されますが、環境変数 EMACS_IME や Emacs での変数 emacs-ime を使うことで上書きが可能です。詳細は「Emacs 利用ガイド」をご覧ください。