GNOMEパネルのデスクトップメニューから、設定→ウィンドウをクリックするか、GNOME端末などから以下のコマンドを実行すると、ウィンドウの設定(gnome-window-properties)が起動します。

$ gnome-window-properties

ウィンドウを選択する方法や、タイトルバーをダブルクリックしたときの動作などを設定することができます。