GNOMEのパネルのメニューから、→をクリックするか、GNOME端末などから以下のコマンドを実行すると、キーボードの設定gnome-keyboard-propertiesが起動します。
$ gnome-keyboard-properties
「レイアウトのオプション」タブの「Control key position」のところで、「Swap Control and CapsLock」を選択すると、Controlキー(Ctrlキー)とCapsLockキーを入れ替えることが出来ます。
次のような選択肢がありますので、使いやすい配置になるものを選んでください。