Vine Linux の Emacs 上における IME は、 X 上におけるそれと連動して、環境変数 EMACS_IME により設定されます。

もし EMACS_IME と異なる IME を使いたい場合は、 skk を例にすると、~/.emacs.el に

(setq emacs-ime "skk")

を設定します。