Linux は、DOS のように即座に電源を切ってはいけません。シャットダウンという操作が必要だからです。この操作は、shutdown コマンドでおこないます。shutdown は root ユーザのみ行えます。実行はプロンプトから、
# shutdown -h now
カーネルオプションに apm=on が設定されており正常に動作していれば、Windows のように電源が切れるでしょう。APM BIOS を持たないマシンの場合は、System halted のメッセージを確認してから電源を切ってください。